In un attimo tutti gli esseri umani si sono trasformati in pietra e anche lo studente delle superiori Taiju è rimasto vittima di questo misterioso fenomeno. Tuttavia, molte migliaia di anni dopo... Taiju e il suo amico Senku si risvegliano e decidono di ricostruire la civiltà da zero. Si apre il sipario su un racconto di adventure survival science fiction. Senku e i suoi riescono a creare una mappa delle materie prime più preziose grazie alla ricerca aerea dalla mongolfiera, ma si trovano ad affrontare il problema dell'approvvigionamento di viveri, visto il considerevole incremento degli abitanti del villaggio. Decidono così di puntare a una rivoluzione alimentare attraverso la produzione di un buon pane che si conservi a lungo. Nel frattempo Senku, uscito in mare con una piccola imbarcazione a scopo sperimentale, fa un incontro sconvolgente...