La morte di Eugeo e lo stato catatonico di Kirito sono stati il prezzo da pagare per sconfiggere la somma sacerdotessa Administrator. Sono passati sei mesi da quel terribile scontro. Alice adesso vive al villaggio di Rulid insieme a Kirito che, privo di volontà e con espressione vuota, non può muoversi dalla sua sedia a rotelle. La ragazza ha deciso di lasciare a Bercouli il compito di proteggere il mondo umano e di vivere in pace e tranquillità insieme a Kirito, ma la fase finale dell'esperimento di carico è sempre più vicina. Mentre il respiro venefico del Dark Territory ha già iniziato a penetrare il mondo umano... le terribili forze dell'oscurità sono ormai alle porte!